A pesar de ser un simple warning que se puede desestimar, es algo que es recurrente ver al ejecutar algún programa por consola. Por ejemplo:

Gtk-WARNING **: Unable to locate theme engine in module_path: "adwaita"

Para solucionar esto, basta con instalar gnome-themes-standard que nos brinda justamente eso, los themes standard para las aplicaciones de Gnome. Entre ellos el adwaita. Una vez instalado no aparece más el molesto warning.