Este problema me aparece con varios juegos hechos sobre Unity3d. Básicamente al iniciar en fullscreen la pantalla queda totalmente negra, en algunos casos se puede escuchar el audio dando a notar que de todas formas está iniciando.

Como workaround sobre este problema se puede hacer lo siguiente:

Primero localizamos la carpeta con las configuraciones de Unity sobre la aplicación que queremos arreglar, deberíamos encontrarla en ~/.config/unity3d/app-que-buscamos. En esta carpeta deberíamos encontrar un archivo llamado prefs. Entonces con el ejemplo anterior, la ruta sería ~/.config/unity3d/app-que-buscamos/prefs. El contenido de dicho archivo tendría que ser similar a esto:

  <unity_prefs version_major="1" version_minor="1">
    <pref name="Screenmanager Is Fullscreen mode" type="int">1</pref>
    <pref name="Screenmanager Resolution Height" type="int">1080</pref>
    <pref name="Screenmanager Resolution Width" type="int">1920</pref>
    <pref name="UnityGraphicsQuality" type="int">3</pref>
    <pref name="UnitySelectMonitor" type="int">0</pref>
    <pref name="unity.cloud_userid" type="string"> ... </pref>
    <pref name="unity.player_session_background_time" type="string"> ... </pref>
    <pref name="unity.player_session_elapsed_time" type="string"> ... </pref>
    <pref name="unity.player_sessionid" type="string"> ... </pref>
  </unity_prefs>

Recomendado hacer un copia del archivo, en mi caso hago la copia en la misma carpeta llamándolo prefs.bkp.

Lo que nos interesa modificar (sobre el archivo original) es la línea de Fullscreen mode, poniéndole como valor 0:

    <pref name="Screenmanager Is Fullscreen mode" type="int">0</pref>

Una vez modificado y guardado, procedemos a abrir la aplicación.

De forma opcional, podemos modificar los valores de Resolution Height y Resolution Width para que coincidan con la resolución de nuestro monitor. Por ejemplo si tenemos una pantalla fullHD, los valores serían 1080 y 1920 respectivamente.

Es muy probable que al cerrar e iniciar nuevamente la aplicación, estos valores que modificamos sean sobrescritos automáticamente. Tendríamos que volver a modificar nuevamente siguiendo los mismos pasos o podemos poner el archivo prefs en modo de sólo lectura, esto último lo podemos lograr haciendo uso de chattr como les explico en este otro post.